Teste essa opção da Simone e verifique se é o seu caso.
Caso contrário, para uso comum do sistema, basta que você siga a dica comentada pelo Juliano.
Segue detalhado.
Essa opção quando está setada com valor "0" só mostra 1000 registros de cli/for
Opções
Parâmetros
RM Fluxus
Avançar
Opção 02.01 - Contas a Pagar
Etapa 11 - Clientes / Fornecedor
Procure o item "Máximo Linhas Visão" (Logo abaixo de "Máscara do Código" na segunda coluna)
Altere de 0 para o valor que necessita.
Conclua o Wizard e pronto.
Talvez seja necessário logar novamente para que as alterações sejam válidas.
Lembrando que o desempenho do computador, da rede e do servidor serão prejudicados
e dependendo da quantidade de registros pode vir a derrubar a rede.