Welles, tudo bom?
Como dito pelo Jair, se o problema foi devido a atualização é de inteira responsabilidade da TOTVS resolver. Para isso você vai precisar voltar o backup antes da atualização e verificar como estavam as matriculas.
De qualquer forma, vou postar o script para você fazer um teste em ambiente de homologação. Mais atenção!!! Não recomendo você executar esse script sem antes ter a certeza que o problema foi devido a atualização. O problema pode ter sido outro e você correrá o risco de estar fazendo uma intervenção sem um diagnostico concreto que causou essa mudança indevida.
BEGIN TRAN
UPDATE PFUNC SET MATRICULAESOCIAL = REPLACE(MATRICULAESOCIAL, '#','')
WHERE CODCOLIGADA= :CODCOLIGADA
AND MATRICULAESOCIAL LIKE '#%'
IF @@ERROR = 0
COMMIT TRAN ELSE ROLLBACK TRAN