Leandro,
para que o chronus considere que o funcionário possuí intervalo para refeição, o mesmo deve ser cadastrado dentro do horário, quanto a questão da batida do almoço você tem a opção de lança-la 12:00 ás 13:00 por exemplo automático para todos os funcionários ou lançar 1 hora de intervalo de forma aleatória onde o próprio sistema irá dentro do intervalo de 1 hora lançar os horário de refeição aleatórios como exemplo 12:05 ás 13:05, 12:03 ás 13:03 e assim por diante.