Raphael o que você pode fazer para ter um melhor resultado na conversão dos relatórios antigos para a versão .Net é antes da conversão fazer algumas coisas como:
Eliminar campos que não estejam sendo utilizados no relatório. Muitos campos são colocados lá para testes e depois vão simplesmente ficando e na conversão o sistema tenta consistir e vincular todos os campos existentes e um campo a toa no gerador antigo pode ser um problema no gerador .Net.
O gerador novo utiliza conexão ADO e por isso nas consultas que utiliza no banco é recomendado que todas as colunas da consulta tenha nome. Por exemplo:
TITMMOV.VALORUNITARIO * QUANTIDADE
Para o gerador antigo não teria problema mas para o novo procure deixar assim:
TITMMOV.VALORUNITARIO * QUANTIDADE AS 'VALORTOTAL'
Também procure remover áreas do relatório que não são utilizadas como Detalhes, Cabeçalho de Detalhe, etc.
São só algumas dicas mas, no final das contas nada vai te livrar de realmente apreender a mexer no Totvs Reports por que, sempre terá detalhes para corrigir, principalmente campos vinculados como campo espelho.
É isso aí e tente testar tudo na versão 12.1.12 que já foi liberada e está bem mais funcional.
Outubro já terá a versão 12.1.13 e Setembro de 2016 a versão 11.82 e inferiores morem, não terão mais correções definitivamente pela Totvs