Prezado Aurélio Figueiredo;
Deparei com o mesmo erro.
Fui no RM Labore (Opções/Parametros/Globais - Pasta Seção) e verifiquei o código de quebra mestre "??"
Fui no RM Chronus (Movimento/Importação de batidas/Importação) e coloquei a mesma quebra ("??") em "Código de Quebra".
Além disso, na "Seleção de funcionários" marquei "Selecionar tudo", daí consegui importar.
OBS.: Sugiro que faça essa importação em BASE DE TESTE primeiro, pois as batidas não poderão ser editadas mais.
Espero ter ajudado!
Forte Abraço!