Pessoal.
Passei também por este problema, e para o pessoal não ficar quebrando a cabeça, existe uma solução já disponibilizada pela TOTVS que faz com que o sistema volte a licenciar por usuário.
Dentro do cadastro de usuário, existe um flag "USUÁRIO FULL DETERMINADO".
Marcando este campo, o Licence Server passa a licenciar por usuário, e não por processos.
Porém o License Server deve ser a ultima versão, e tem algumas bibliotecas que estavam com problema.
QQ coisa o suporte já tem a solução também.
Att
Hely G Pasqual