Fiz esse procedimento mas não tive sucesso, pois essa opção não serve para o CC 6, ou seja, marcando está opção o campo de proporcionalidade continua inativo, então tentei o seguinte:
Opções --> Parâmetros --> RM Labore --> "Aba" Parâm. Cálculo --> Outros(canto inferior direito) --> Desmarquei a flag "Sal. nominal p/ vale transporte.
Se essa flag estiver marcada o vale será calculado pelo salário que está no cadastro no funcionário.
Se a flag estiver desmarcada o vale será calculado pelos eventos que estiverem na movimentação e incidirem pra "Vale Transporte"
OBS¹: Como o evento de salário trará o valor proporcional aos dias trabalhado, o vale será calculado sobre esse valor
OBS²: Caso o vale seja calculado por outros valores na qual você não queira, deve-se verificar no envelope do funcionário quais eventos está incidido pra Vale Transporte e desmarcar a incidência no cadastro dos eventos.
De qualquer forma Valeu pela força Bernades.