Olá amigo.
Passei por esta situação a cerca de 1 ano atrás, quando deixamos de usar o sistema SICOB da Caixa com boletos sem registro (SR) e passamos a emitir boletos pelo RMFluxus.
Antes de tudo, decidimos usar a cobrança registrada (CR) e gerar o arquivo de transmissão para a Caixa, no nosso caso aqui foi de 400 posições. Foi necessário gerarmos 30 boletos de cada cedente e enviar para a Caixa validar estes novos boletos através de teste e depois disto, foi homologado os nossos boletos.
Desde fevereiro/08, passamos para Cobrança sem registro (SR) e não é mais necessário o envio de arquivo de remessa para a Caixa, apenas resgatamos o arquivo de retorno. Nesse arquivo de retorno, o Fluxus utiliza o campo idcoligada e o NossoNumero (CnabNossonumero) para dar baixa no lançamento. Caso esse número não seja gerado de acordo no corpo do boleto (CnabNossoNumero e o IPTE), quando o cliente pagar o boleto, ele até pode encontrar o cedente correto, mas o nosso número pode dar problema. Os campos para baixa por arquivo eletronico você configura nos parâmetros de acordo com o arquivo de layout de retorno que pode ser baixado na Caixa no ícone downloads.
Como o tempo para a Caixa homologar os boletos é muito demorado, eu fiz o seguinte: gerei 5 boletos de cada cedente no valor de R$ 10,00 e paguei através do internet banking. Dai no outro dia, eu vi que caiu no cedente correto e baixei eletronicamente, depois pedi para a empresa que trabalho me reembolsar...
Tive uma enorme dor de cabeça para parametrizar o arquivo de retorno e o boleto, mas depois funciona bem...
Qualquer dúvida, pode postar....