Pessoal consegui fazer com que funcionasse corretamente, a consulta ficou da seguinte forma:
SELECT FCFO.NOME,
FLAN.DATAVENCIMENTO,
FLAN.DATABAIXA,
(SELECT CASE
WHEN FLAN.DATABAIXA IS NOT NULL
AND FLAN.DATABAIXA <= '02/07/2021'
AND FLAN.CODAPLICACAO = 'S'
AND FLAN.VALORBAIXADO <> '0.00'
AND FLAN.CODCXA IN( '01', '02', '03', '07' ) THEN FLAN.VALORBAIXADO + 1.52
WHEN FLAN.DATABAIXA IS NOT NULL
AND FLAN.DATABAIXA >= '02/08/2021'
AND FLAN.CODAPLICACAO = 'S'
AND FLAN.VALORBAIXADO <> '0.00'
AND FLAN.CODCXA IN( '01', '03', '07' ) THEN FLAN.VALORBAIXADO + 1.54
WHEN FLAN.DATABAIXA IS NOT NULL
AND FLAN.DATABAIXA >= '02/09/2021'
AND FLAN.CODAPLICACAO = 'S'
AND FLAN.VALORBAIXADO <> '0.00'
AND FLAN.CODCXA = '02' THEN FLAN.VALORBAIXADO + 1.45
WHEN FLAN.DATABAIXA IS NOT NULL
AND FLAN.DATABAIXA <= '02/07/2021'
AND FLAN.CODAPLICACAO = 'S'
AND FLAN.VALORBAIXADO <> '0.00'
AND FLAN.CODCXA = '05' THEN FLAN.VALORBAIXADO + 1.81
WHEN FLAN.DATABAIXA IS NOT NULL
AND FLAN.DATABAIXA >= '02/08/2021'
AND FLAN.CODAPLICACAO = 'S'
AND FLAN.VALORBAIXADO <> '0.00'
AND FLAN.CODCXA = '05' THEN FLAN.VALORBAIXADO + 1.84
ELSE FLAN.VALORBAIXADO
END) AS 'VALOR PAGO',
FLAN.CNABNOSSONUMERO AS 'NOSSO NUMERO',
'109' AS CARTEIRA,
FLAN.CODTDO,
FLAN.HISTORICO,
FLAN.IDBOLETO,
CASE FLAN.STATUSLAN
WHEN 0 THEN 'EM ABERTO'
WHEN 1 THEN 'BAIXADO'
WHEN 2 THEN 'CANCELADO'
WHEN 3 THEN 'BAIXADO POR ACORDO'
WHEN 4 THEN 'BAIXADO PARCIALMENTE'
WHEN 5 THEN 'BORDERO'
END AS STATUS,
( CASE
WHEN FLAN.CODCXA = '01' THEN '10378-8 (Itaú)'
WHEN FLAN.CODCXA = '02' THEN '08771-8 (Itaú CT)'
WHEN FLAN.CODCXA = '03' THEN '15400-0 (Itaú ICTQ)'
WHEN FLAN.CODCXA = '04' THEN 'DINHEIRO'
WHEN FLAN.CODCXA = '05' THEN '27837-4 (Itaú Cursos)'
WHEN FLAN.CODCXA = '07' THEN '34200-6'
WHEN FLAN.CODCXA = '08' THEN '580266-3 (Safra CT)'
WHEN FLAN.CODCXA = '09' THEN '580283-3 (Safra ICTQ)'
WHEN FLAN.CODCXA = '10' THEN '580284-1 (Safra Cursos)'
WHEN FLAN.CODCXA = '11' THEN 'PAG SEGURO'
END ) AS 'CONTA/CAIXA',
GCCUSTO.NOME AS 'CENTRO DE CUSTO'
FROM FLAN
INNER JOIN GCCUSTO
ON FLAN.CODCOLIGADA = GCCUSTO.CODCOLIGADA
AND FLAN.CODCCUSTO = GCCUSTO.CODCCUSTO
LEFT JOIN FCFO
ON FCFO.CODCOLIGADA = FLAN.CODCOLIGADA
AND FCFO.CODCFO = FLAN.CODCFO
WHERE DATAVENCIMENTO BETWEEN :VENCIMENTO_INICIAL AND :VENCIMENTO_FINAL
AND FLAN.PAGREC = 1
AND GCCUSTO.NOME LIKE :CIDADE
AND DATABAIXA BETWEEN :BAIXA_INICIAL AND :BAIXA_FINAL
AND FLAN.VALORBAIXADO <> 0
AND CODTDO IN ( 'BOL', 'BOLETOPS', 'REND', 'TRANSBANC', 'CARTCRED' )
AND STATUSLAN = 1
ao tentar fazer o WHERE, eu parti do pressuposto que daria certo fazer a condição pelo when e mudar o paramento de busca no >= ou <= assim delimita a consulta fazer a busca da forma que foi repassada a demanda,
caso tenha uma forma melhor de se fazer, fico muito grato se me repassar o conhecimento, e deis de já agrade a ajuda @luisgustavogomes